无人机会被电磁干扰会降低射频传感器探测能力。在城市环境中，有许多潜在的干扰源，包括通信天线、双向无线电、遥测系统，甚至包括电线和LED灯。
某些射频传感器，包括一些被称为“被动式”传感系统，也可能会发出能够干扰其他通信的射频信号，使它们在某些环境中面临潜在的危险。
摄像机系统可能会将无人机与鸟类或飞机混淆，也可能被能见度低的恶劣天气影响，或者无法发现在太阳等强光源背光照射下的无人机。
雷达、某些射频传感器和EO/IR传感器，为了探测到目标，必须与入侵无人机保持在视线范围。这在城市环境中尤其成问题，因为无人机可能在传感器视线内只出现几秒钟，然后再次消失。
一些探测系统只能对来袭无人机提供粗略的位置信息估算。
某些飞行模式——最明显的是悬停和垂直移动——对于使用自动跟踪算法（应用于雷达或摄像机）的探测系统，或许更难发现无人机。
声学传感器依赖于由已知无人机发出的声音构建的声音数据库。类似的，射频探测系统同样只检测预先建立的数据库中的特定频段。鉴于无人机在市场上的迅速崛起和激增，即使数据库经常更新，也永远无法在任何时候涵盖所有可能飞行的无人机（的数据）。
为了发挥作用，反无人机（C-UAS）系统探测系统需要有很低的误报和漏报率。这是很难实现的。C-UAS探测元件必须足够灵敏，能够探测到使用区域内的所有无人机，但过于灵敏的系统可能会产生大量的误报，导致系统无法使用。
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